• تشكل الضرائب عبئاً كبيراً على المنتج الصناعي، حيث تؤدي إلى ارتفاع السعر الذي يصبح في معظم الأحيان غير تنافسي.
• غموض القانون واللائحة التنفيذية مما أدى الي الاجتهاد والاختلافات في التفسير داخل المصلحة في كل التعاملات وكانت أهم الاختلافات في المعايير والتطبيق تخص صناعات متخصصة تخص الصناعات الغذائية، صناعة المنظفات، صناعة الدواء، صناعة مستحضرات التجميل، و لب الورق (عجائن من خشب أو مواد ليفية سيلليوزية )

• أهمية وضوح القوانين واللوائح والتعليمات الضريبية وتبسيطها من أجل تخفيض السلطة التقديرية للعاملين بالإدارة الضريبية.
• تشكيل لجنة مصغرة بعضوية رئيس مصلحة الضرائب ورئيس مصلحة الجمارك ونائب عن وزير المالية، وعضوية رئيس اتحاد الصناعات أو من ينوب عنه وممثلين عن الغرف الصناعية، تكون مهمتها مناقشة العقبات الإجرائية والقانونية التي تواجه المستثمرين الصناعيين في الضرائب والجمارك والتوصل إلى حلول وقرارات عملية لها تأثير سريع على أرض الواقع.
• توقيع بروتوكول بين وزارة المالية ومنظمة التنمية والتعاون الاقتصادي لتطوير أنظمة التعامل الضريبي بما يتماشى مع المستجدات الدولية ويعزز ثقة المستثمرين في الإصلاحات الضريبية.

• اتفاقيات منع الازدواج الضريبي: مصلحة الضرائب لا تعتد باتفاقيات منع الازدواج الضريبي في بعض الحالات مما يؤثر سلباً على استمرار تدفق الاستثمارات الاجنبية الى مصر.

• يجب الالتزام باتفاقيات منع الازدواج الضريبي لتشجيع الشركات الاجنبية على ضخ مزيد من الاستثمارات في مصر.

• تقادم أحكام قانون الجمارك التي تتناول خدمات مناولة الحاويات في مصر فلم تعد مواكبة للعصر، الأمر الذي يؤدي إلى جوانب قصور حادة في كفاءة مناولة الحاويات. ويمكن أن يُعزى ذلك إلى جوانب قصور عديدة قائمة منذ زمن طويل فيما يتعلق بالكفاءة التشغيلية. حيث يجري نقل الحاويات من الموانئ البحرية إلى الموانئ الجافة تحت إشراف مصلحة الجمارك والشرطة، ويتحمل العميل جميع الرسوم وأي تأخيرات. ولا يوجد ممثلون من السلطات الرقابية في الموانئ الجافة، ومن ثمَّ ففي حالة وقوع نزاع بشأن المسائل الجمركية بين المستوردين والسلطات الجمركية في الموانئ  الجافة، يضطر المستوردون إلى  الرجوع إلى الميناء الأصلي.
   

• توقف مصلحة الجمارك عن إصدار تعليمات تتعلق بالاستيراد والتصدير إلا بعد الرجوع لوزارة التجارة والصناعة، قطاع الاتفاقيات والتجارة الخارجية، وعلى كافة الجهات الرجوع إلى هذه الجهة عند إصدار أية تعليمات أو إجراءات تتعلق بالاستيراد والتصدير و ينبغي قبول سندات الشحن الجديدة.
• أن يستوعب القانون الجديد للجمارك أفضل الممارسات الدولية الشائعة من خلال الالتزام باتفاقية كيوتو المنقَّحة فيما يتعلق بالرقابة الجمركية. 
• أن تنضمَّ مصر إلى الاتفاقية الدولية لسلامة الحاويات (CSC). 

• تم إصدار قانون الجمارك الجديد رقم 207 لسنة 2020.

مشاكل أخرى متنوعة خاصة بنظام MTS علي منظومة نافذة: 

• مشاكل بتطبيق الاتفاقيات التجارية الدولية حيث يتطلب تقديم أصل شهادة المنشأ ولا يكتفي برفعها على منصة نافذة، وعند إدراج كود تطبيق الاتفاقية قد لا يظهر الإعفاء، بل ومن الممكن إلغاء الاتفاقية لإمكانية قيد 46 حيث إنه لا يمكن القيد بدفتر 46 إلا بعد إلغاء الاتفاقية. 

• إصدار تعليمات بتطبيق الاتفاقيات في حالة التخليص المسبق بصورة مستند الإعفاء على أن يتم تقديمه فيما بعد ذلك في المرحلة الثانية. 
• مراجعة شركة MTS أكواد الاتفاقيات ومدى تطبيقها وظهورها.