مشاكل أخرى متنوعة خاصة بنظام MTS علي منظومة نافذة: 

• مشاكل بتطبيق الاتفاقيات التجارية الدولية حيث يتطلب تقديم أصل شهادة المنشأ ولا يكتفي برفعها على منصة نافذة، وعند إدراج كود تطبيق الاتفاقية قد لا يظهر الإعفاء، بل ومن الممكن إلغاء الاتفاقية لإمكانية قيد 46 حيث إنه لا يمكن القيد بدفتر 46 إلا بعد إلغاء الاتفاقية. 

• إصدار تعليمات بتطبيق الاتفاقيات في حالة التخليص المسبق بصورة مستند الإعفاء على أن يتم تقديمه فيما بعد ذلك في المرحلة الثانية. 
• مراجعة شركة MTS أكواد الاتفاقيات ومدى تطبيقها وظهورها.