مشكلات السكك الحديدية:

• تعد طول فترة فرز عربات البضائع من أكبر أسباب انخفاض كفاءة عمليات نقل البضائع بالسكك الحديدية حيث تمكث عربات البضائع مدة طويلة في أحواش الفرز علاوة على الوقت الضائع في ساحة الشحن وساحة الفرز. 
• طول زمن التقاطر بين القطارات لا سيما على الخطوط الرئيسية وخطوط الضواحي حول القاهرة والإسكندرية.
• انخفاض سرعة قطارات البضائع بصفة عامة وانخفاض سرعة قطارات الركاب على بعض الخطوط مثل الخطوط الفرعية وبعض الخطوط الرئيسة كخط بنها – بورسعيد وطنطا – دمياط.
• انخفاض معامل التحميل لعربات نقل البضائع وزيادة دورة العربة أو الزمن الذي يستغرقه القطار بين تحميله وعودته فارغ للتحميل مرة أخرى حيث تبلغ دورة العربة حالياً 14 يوم في المتوسط. 
• سوء كفاءة نظام النقل بالحاويات وعدم وجود نظام النقل التكاملي أو نقل البضائع من الباب إلى الباب. 
• صعوبة إجراءات التعاقد مع الهيئة لشحن البضائع نظراً لوجود العديد من الدرجات للسلع ولكل درجة من السلع تعريفة خاصة بها مما يزيد من صعوبة تحديد تعريفة النقل بدقة. 
• انخفاض نسبة الوحدات المتحركة المتاحة للتشغيل نتيجة لعدم الاهتمام بالصيانة الدورية للقاطرات والعربات وانعدام الموارد المالية اللازمة لتنفيذ برامج الصيانة. 
• عدم وجود وكلاء لحجز التذاكر وعدم تغطية نظم حجز التذاكر بالحاسب الآلي سوى على خط القاهرة – الإسكندرية والقاهرة – السد العالي. 
• انخفاض كفاءة الشحن والتفريغ بالهيئة مما أدى إلى ارتفاع تكلفة المناولة وزيادة التالف من البضائع خلال عمليات الشحن والتستيف والتفريغ. 
• زيادة فترة التخزين خلال الرحلات مما يؤدي عادة إلى تعرض البضائع للتلف أو السرقة. 

• توسيع مجال عمل هيئة السكك الحديدية والدخول في مجالات جديدة لتحسين ربحيتها كقيامها مثلاً باستثمار الأرضي الشاسعة التي تتبعها. 
• الإقلال من فترة التخزين انطلاقاً من الحرص على البضائع خاصة سريعة التلف وبالتالي لابد من التأكيد على ضرورة زيادة العربات المبردة والعربات المخصصة لنقل الحاويات.