مشكلات السكك الحديدية:

• تعد طول فترة فرز عربات البضائع من أكبر أسباب انخفاض كفاءة عمليات نقل البضائع بالسكك الحديدية حيث تمكث عربات البضائع مدة طويلة في أحواش الفرز علاوة على الوقت الضائع في ساحة الشحن وساحة الفرز. 
• طول زمن التقاطر بين القطارات لا سيما على الخطوط الرئيسية وخطوط الضواحي حول القاهرة والإسكندرية.
• انخفاض سرعة قطارات البضائع بصفة عامة وانخفاض سرعة قطارات الركاب على بعض الخطوط مثل الخطوط الفرعية وبعض الخطوط الرئيسة كخط بنها – بورسعيد وطنطا – دمياط.
• انخفاض معامل التحميل لعربات نقل البضائع وزيادة دورة العربة أو الزمن الذي يستغرقه القطار بين تحميله وعودته فارغ للتحميل مرة أخرى حيث تبلغ دورة العربة حالياً 14 يوم في المتوسط. 
• سوء كفاءة نظام النقل بالحاويات وعدم وجود نظام النقل التكاملي أو نقل البضائع من الباب إلى الباب. 
• صعوبة إجراءات التعاقد مع الهيئة لشحن البضائع نظراً لوجود العديد من الدرجات للسلع ولكل درجة من السلع تعريفة خاصة بها مما يزيد من صعوبة تحديد تعريفة النقل بدقة. 
• انخفاض نسبة الوحدات المتحركة المتاحة للتشغيل نتيجة لعدم الاهتمام بالصيانة الدورية للقاطرات والعربات وانعدام الموارد المالية اللازمة لتنفيذ برامج الصيانة. 
• عدم وجود وكلاء لحجز التذاكر وعدم تغطية نظم حجز التذاكر بالحاسب الآلي سوى على خط القاهرة – الإسكندرية والقاهرة – السد العالي. 
• انخفاض كفاءة الشحن والتفريغ بالهيئة مما أدى إلى ارتفاع تكلفة المناولة وزيادة التالف من البضائع خلال عمليات الشحن والتستيف والتفريغ. 
• زيادة فترة التخزين خلال الرحلات مما يؤدي عادة إلى تعرض البضائع للتلف أو السرقة. 

• توسيع مجال عمل هيئة السكك الحديدية والدخول في مجالات جديدة لتحسين ربحيتها كقيامها مثلاً باستثمار الأرضي الشاسعة التي تتبعها. 
• الإقلال من فترة التخزين انطلاقاً من الحرص على البضائع خاصة سريعة التلف وبالتالي لابد من التأكيد على ضرورة زيادة العربات المبردة والعربات المخصصة لنقل الحاويات. 

مشكلات النقل النهري:

• انخفاض منسوب المياه في المجرى الملاحي عن 150 سم ولفترات زمنية طويلة مما يسبب في صعوبة سير الوحدات النهرية ويترتب أيضاً على ذلك تحديد حجم وحمولة ونوعية الوحدات الملاحية مما يؤثر بالسلب على اقتصاديات النقل النهري، هذا بالإضافة إلى تعرض الوحدات النهرية لحدوث حوادث نتيجة انخفاض المنسوب. 
• وجود الأهوسة والكباري التي تسبب في زيادة أزمنة الرحلات النهرية نظراً لانخفاض السرعات عند هذه النقاط هذا بالإضافة إلى ازدياد فترات الانتظار وخاصة عند الأهوسة والتي تعتبر بمثابة نقاط اختناق تؤثر على انسيابية المرور في المجرى الملاحي. 

• ربط الموانئ البحرية (دمياط - الدخيلة- بورسعيد - السويس) بشبكة النقل النهري. 
• تجهيز موانئ نهرية على طول مجرى النهر. 
• مراعاة الحمولات عند تصميم الكباري بما لا يمثل عائقاً أمام مرور السفن. 
• تحديث المجرى الملاحي وكذلك الأسطول النهري بشبكة من أجهزة الاتصال اللاسلكية المرتبطة بمحطات موزعة على طول المجرى الملاحي. 
• تطبيق النقل متعدد الوسائط في قطاع النقل النهري ويتطلب ذلك التوافق مع الوسائل الأخرى كالسكك الحديدية والنقل على الطرق مع توفير المعدات والوحدات اللازمة. 
• تجهيز الموانئ بأحدث أساليب تداول البضائع سواء أوناش عائمة ذات قدرة عالية أو سيور متحركة في حالة البضائع الصلبة أو خطوط أنابيب في حالة البضائع السائلة مع إمكانية ربط هذه الموانئ بوسائل المواصلات الأخرى. 
• تزويد الممر الملاحي بالمساعدات الملاحية المختلفة والمتطورة على طول المجرى الملاحي.

النقل البحري:

• انخفاض أداء رافعات الموانئ؛ حيث يبلغ عدد النقلات التي تقوم بها الرافعات في ميناء الإسكندرية ما بين 10-12 نقلة/ساعة، مقارنة بمتوسط عالمي يصل إلى 20-25 نقلة/ساعة.
• تواضع كثير من الخدمات مثل نقل البضائع غير المعبأة أو خدمات السفن الناقلة للمركبات، وعدم كفاية خطوط الشحن والذي يمثل عقبة أمام الكثير من الصناعات.
• تحصيل رسوم أرضيات في أوقات انتظار القوافل في بعض الموانئ على الرغم من عدم وجود مستودعات بالميناء.
• فرض رسوم شحن وتفريغ من قبل هيئة الموانئ البرية برغم تولى متعهدي النقل تحمل أعباء الشحن والتفريغ. 
• ارتفاع نولون الشحن كنتيجة لعدة عوامل منها ارتفاع أسعار النقل والوقود البحري.
• زيادة اسعار تكلفة الخطوط الملاحية والسداد الزامي بالدولار مع أن الخدمة المقدمة على أراضي مصرية (ليست منطقة حرة) وبالتالي لابد من السداد بالجنيه المصري.

• إصدار تعريفة شاملة وموحدة لرسوم الخدمات التي تقدم بالموانئ المصرية للسفن بهدف تنمية أنشطة وخدمات النقل البحري وتحديثها مع منع تقاضي أي رسوم إضافية أو مقابل خدمات تحت أي مسمى فيما عدا الضرائب والرسوم المقررة بناء على قانون أو قرارات وزارية. 
• إعطاء الأولوية في القيام بأنشطة وخدمات النقل البحري للشركات التي تمتلك سفناً ترفع العلم المصري لزيادة حجم التبادل التجاري وتنشيط حركة الصادرات. 
• اتخاذ الإجراءات لسحب المهمل خارج الموانئ وتجهيز مخازن ومساحات خارج الميناء لاستقباله.
• تطوير ميناء الإسكندرية بهدف القضاء على العشوائيات داخلها وتحديث البنية الأساسية من شبكة الطرق والصرف الصحي والمياه والكهرباء بالإضافة إلى إزالة المباني المتهالكة والمخلفات - إنشاء محطة ركاب جديدة. 
• ضمان منح الأولوية لسفن الأسطول التجاري الوطني لنقل البضائع المصرية، وليس هذا بالأمر الذي يتعارض مع قواعد اتفاقية الجات بالنسبة لقطاع النقل البحري أو مع آليات السوق. 
• تطوير أداء شركات الشحن والتفريغ في الموانئ وتقرير التيسيرات المناسبة لشركات القطاع الخاص التي يرخص لها القيام بهذه الخدمة بحيث يتوافر لها الكفاءة الفنية والمعدات الحديثة بما يسمح بأداء خدمة متميزة وسريعة للسفن مع الحفاظ على مستوى وسمعة الموانئ المصرية في هذا المجال. 
• تطوير الترسانات البحرية وشركات إصلاح السفن المصرية سواء المملوك منها للقطاع الخاص أو قطاع الأعمال العام وذلك لجذب أصحاب السفن المترددة والعابرة لإجراء العمرات والإصلاحات بالموانئ المصرية بما يؤدي إلى زيادة الدخل مع ضرورة وضع سياسة للاستفادة من طاقة الترسانة المصرية في أعمال البناء والإصلاح لتطوير الأسطول البحري المصري. 
• دراسة أسباب انخفاض أسعار تموينات السفن بالموانئ المجاورة مقارنة بأسعاره في مصر وهو ما يؤدي إلى لجوء السفن إلى التزود في الموانئ الأخرى مما يترتب عليه إهدار موارد يمكن أن يتم تحصيلها من خلال عمليات التزود.

وافق مجلس الوزراء، في يوليو 2019، على مقترح وزارة النقل بتعديل بعض أحكام قراري وزير النقل:

• الأول رقم 488 لسنة 2015، بشأن لائحة مقابل الخدمات التي تؤدى للسفن في الموانئ البحرية المصرية، ومقابل الانتفاع بالمهمات والمنشآت الثابتة والعائمة التابعة لهيئات الموانئ البحرية والهيئة المصرية لسلامة الملاحة البحرية، ومقابل الخدمات الإلكترونية المقدمة من هيئات الموانئ البحرية للمتعاملين معها.
• والثاني رقم 800 لسنة 2016 بشأن إصدار لائحة تنظيم مزاولة الأنشطة والأعمال المرتبطة بالنقل البحري ومقابل الانتفاع بها.
• كما تضمن المقترح إلغاء قرار وزير النقل رقم 468 لسنة 2018.

ومن ضمن الحوافز المقدمة في إطار القرار الوزاري الجديد 416 لسنة 2019:

• تخفيض رسوم التأمين من 10 آلاف إلى 5 آلاف جنيه، ورسوم إصدار التراخيص من 3 آلاف إلى ألف جنيه فقط، بالإضافة إلى تخفيض رسوم خدمات تموين السفن بنسبة 50%.
• وتشمل تخفيض رسم المنائر بنسبة 10% في حال دخول السفينة العابرة قناة السويس ميناءً واحداً من الموانئ المصرية، وبنسبة 20% في حال دخولها ميناءين أو أكثر،
• وزيادة مدة الترخيص لنشاط الشحن والتفريغ إلى ما بين 10 و15 عاماً، بدلاً من 5 أعوام في السابق، مع إمكانية التجديد لمدد أخرى مماثلة، ورفع مدة الترخيص لنشاط التخزين والمستودعات إلى 10 أعوام، قابلة للتجديد لمدد أخرى مماثلة، بالمقارنة مع 5 أعوام فقط سابقاً، وتخفيض التأمين الذي يلتزم المرخص له بتقديمه لـ 5 آلاف جنيه (تسدد نقداً أو بموجب خطاب ضمان بنكي)، مقابل 10 آلاف جنيه في السابق، وتخفيض رسوم الترخيص للقيام بنشاطي الأشغال البحرية / التوريدات البحرية إلى 1000 جنيه لكل نشاط على حدة، بدلاً من 3 آلاف جنيه.
• كما تشمل تخفيض رسوم الحصول على خدمات تموين السفن للنصف، وتقليص المقابل الذي تدفعه الشركات العاملة في نشاط شراء مخلفات السفن إلى ألف جنيه فقط سنوياً، من 10 آلاف جنيه، وإلغاء الشرط الخاص بألا تقل حصة الشريك المصري في رأسمال شركات التوكيلات الملاحية ذات رأس المال المشترك عن 51%.

مشكلات النقل الجوي

• نقص مساحات تخزين البضائع وتقادم مرافق التخزين المبرد التابعة للقطاع الخاص بميناء القاهرة الجوي.
• نقص الخبرة لدى القائمين على أعمال الشحن والتفريغ.

• السماح لشركات الطيران الأجنبية العاملة في جمهورية مصر العربية التي تشغل خطوط دولية منتظمة لشحن كافة أنواع الصادرات المصرية في كافة المطارات الدولية المصرية إلى الخارج ودون أية قيود تفرض عليها وبنفس المعاملة التي تتحملها الشركة الوطنية مع وقف رسم "الجعالة".
• السماح لكافة شركات الطيران الأجنبية العابرة للأجواء المصرية وطائرات الهبوط الفني بالهبوط في المطارات الدولية المصرية لشحن المنتجات المصرية بنفس المعاملة والتكاليف التي تتحملها الشركة الوطنية. 
• السماح باستغلال طاقات النقل بالرحلات الشارتر Charter (بضائع أو ركاب) لشحن كافة الصادرات المصرية من كافة المطارات المصرية إلى الخارج بدون قيود تفرض على تشغيل هذه الرحلات نفس معاملة الشركة الوطنية في المطارات والأجواء المصرية. 
• إطلاق حرية المنافسة في الشحن الجوي من وإلى مصر لخدمة حركة النقل الجوي بنظام السماوات المفتوحة بحيث يسمح بشحن البضائع من كافة المطارات المصرية على أي الطائرات دون قيود تفرض على تشغيل هذه الرحلات على أن تعامل هذه الطائرات معاملة الشركات الوطنية مع عدم فرض أي رسوم أو أضافات جديدة. 
• الاتفاق على تسعيرة محددة كحد أقصى للخدمات الأرضية تلتزم بها شركة مصر للطيران وغيرها من الشركات. 
• فتح المجال أمام الشركات الأجنبية ووكلائها للقيام بعمليات الخدمات الارضية في كافة المطارات المصرية دون دفع مصاريف إدارية للشركات الوطنية والسماح لها بخدمة طائراتها، وتوفير هذه الخدمة للغير. 
• الموافقة على قيام الطائرات العابرة أو الشارتر Charter بشحن الصادرات المصرية دون شرط الحصول على موافقة شركة مصر للطيران. 
• سرعة استكمال معدات فحص البضائع لاستيفاء الإجراءات الأمنية بكافة المطارات والسماح لكافة شركات الشحن ووكلاءها بتوفير هذه الأجهزة. 
• توفير قروض ميسرة لتمويل شراء طائرات النقل. 
• منح إعفاءات ضريبية للمستثمرين الذين يقومون بشراء طائرات نقل ولو لفترة محدودة. 
• السماح لشركات الطيران وخدمات النقل بإنشاء مخازن ومكاتب لها داخل المطارات. 
• توسيع المساحات التخزينية المجهزة لاستقبال السلع المصدرة لحين استيفاء إجراءات التصدير أو لحين توافر فراغات على الطائرات. 

مشكلات النقل البري:

• يتقاسم نشاط النقل البري في مصر 5 شركات تساهم الشركات القابضة بحوالي 5% من أســــــهمها و 95% يمتلكها المساهمين العاملين بها وعدد من الجمعيات التعاونية للنقل، والاثنان يمثلان 85% من طاقة النقل البري في مصر ثم 15% للقطاع الخاص.
• ووفقاً لآخر بيانات متاحة فإن إجمالي عدد الشاحنات المملوكة لشركات قطاع الأعمال حوالي 1588 شاحنة.
• تقدر طاقة اسطول نقل البضائع في مصر بحوالي 5480 مليون طن.
• يعاني العديد من المشكلات التي تحد من كفاءته وتعمل في ذات الوقت على رفع تكلفة التسويق وهذه المشكلات هي:- 

1. قدم معظم أسطول النقل في مصر خاصة السيارات المبردة مع ارتفاع أسعار الوحدات الجديدة المطلوبة للإحلال بدلاً من الوحدات المتهالكة حيث وصل سعر الوحدة حالياً ما يقارب المليون جنيه نظراً لارتفاع الرسوم الجمركية وغيرها من الضرائب عليها
2. عدم وجود أسطول من البرادات المجهزة لنقل الخضروات والفاكهة لدى الناقلين المصريين الأمر الذي أدى لاحتكار الناقلين الأردنيين والسوريين لنقل هذه الأصناف. 
3. قرار وزير النقل رقم 28 لسنة 2000 والذي يقضي بفرض رسوم مقدارها 10 جنيه على كل طن من الحمولة المرخص بها حتى 40% منها ثم 50 جنيه على كل طن يزيد عن ذلك بما يؤدي إلى زيادة تكلفة النقل البري. 

• إصدار تشريع خاص بقطاع النقل البري، بالإضافة الى وضع قواعد منظمة للشركات العاملة بالنقل البري وتقسيمها من حيث حجم الأسطول وحجم الاستثمار، ووضع معايير للسلامة والصحة.
• الهيئة العامة للطرق والكباري تحتاج إلى تعزيز قدراتها لمراقبة نشاط النقل البري ووضع الآليات والتوجيهات الملائمة لإدارة القطاع بشكل كفء وفعال.
• تقنين التعريفات المفروضة على الطرق (الكارتات) وأن تكون معلنة.
• أن تتبنى مصر نظام النقل المتعدد الوسائط بجميع جوانبه. ويتطلَّب هذا إنشاء منظومة جمركية سلسة واعتماد مفهوم النقل «من الباب إلى الباب» بدون سند شحن حقيقي. وفي هذا الصدد، ينبغي إزالة نقاط الاختناق المرتبطة بالنقل المائي الداخلي والسكك الحديدية، من أجل الاستفادة من هذه الموارد المهمة للنقل السطحي. وسوف يؤدي هذا إلى زيادة كبيرة في كفاءة سلاسل الإمدادات.
• تجديد الاسطول البري المصري مع العمل على تخفيض الرسوم الجمركية وضريبة المبيعات المفروضة على الشاحنات بحيث يتم التخفيض لأدنى حد ممكن. 
• أن يتم محاسبة السيارات على أساس حمولاتها التصميمية وبما لا يزيد عن 40-50 طن على الطرق الداخلية السريعة، ثم 50 جنيه على كل طن يزيد عن ذلك بما لا يؤدي إلى زيادة تكلفة النقل البري.