• عدم الالتزام بالممارسات الزراعية الجيدة ونظام التتبع والجودة الشاملة.
• نقص مياه الري وتلوثها بمياه الصرف الصحي في عدد من المناطق.
• مشاكل أراضي الاستصلاح من تخصيص وتسعير تلك الأراضي.
• لا توجد صور بالأقمار الصناعية لمراقبة وتنظيم الأنشطة الزراعية والبناء غير القانوني على الأراضي الزراعية.

• إعادة هيكلة كاملة لوزارة الزراعة وأجهزتها المختلفة. 
• تعديل السياسات الزراعية وربطها بسياستي الصناعة والتصدير ومخرجات مراكز البحوث الزراعية.
• الإسراع بإصدار قانون حماية الموارد الإحيائية.
• مراجعة الجمارك على المواد الخام وتسهيل إجراءات الاستيراد من خلال سرعة الإفراج الصحي والجمركي عن مدخلات الصناعة.

• عدم تطبيق نظام سلامة الأغذية والالتزام بالمعايير والمواصفات الدولية. وضعف منظومة تتبع المبيدات في المزارع.
• الإفراط في استخدام المبيدات غير العضوية.

• فرض عقوبات رادعة على الشركات المخالفة مثل الحرمان من التصدير لفترة معينة مع فرض غرامة مالية كبيرة عليها وحرمانها من الحصول على مساندة الصادرات.
• تكويد المزارع واعتمادها للتصدير والسوق المحلي.
• التوسع في إنشاء معامل متخصصة لمتبقيات المبيدات.
• إعادة النظر في لجنه التقاوي لتتواكب مع متطلبات التصدير بآلية أكثر فاعلية كما هو مطبق في الدول الأخرى.

• ضعف دور الإرشاد الزراعي المنوط به توجيه المزارعين أثناء كامل العملية الإنتاجية. 
• ضعف الموارد المالية لمراكز البحوث الزراعية.
• نقص شديد في استثمارات البحث والتطوير الموجهة نحو تحسين هذا القطاع.
• لا تكتفي الهيئة البيطرية باعتماد وفحص المصنع المنتج للمنتجات الحيوانية في الدول الأخرى المصدرة إلى مصر، بل تشترط حضور كل دورة تشغيل حتى في البلدان المعروفة بالتزامها بقواعد الذبح مثل السعودية.

• تطوير التعليم الفني الزراعي وتحفيز الطلبة للانضمام له.
• رفع مخصصات البحوث في مجال الزراعة للنهوض بإنتاجية الفدان في المحاصيل الهامة مثل القطن ولتطوير السلالات الزراعية.
• ان تكتفي الهيئة البيطرية بفحص واعتماد المصنع المنتج للمنتجات الحيوانية في الدول الأخرى المصدرة إلى مصر ولا داعي لحضور كل دورة تشغيل.

• يبلغ الفاقد من الزراعة حوالي 30٪، ويرجع ذلك إلى حد كبير إلى عدم كفاية سلسلة التوريد واللوجستيات، فضلاً عن أساليب الزراعة غير الفعالة.

• إنشاء محاور لوجستية في جميع أنحاء مصر لتحسين سلسلة التوريد للمنتجات الزراعية.

• فيما يخص الإفراج عن اللحوم والدواجن - فقد ألغت مصر تصاريح 8 شركات حلال في أمريكا، واعتمدت على شركة واحدة فقط – وهذه الشركة لها نظام جغرافي ولا يحق لها العمل في منطقة مغايرة وليس لها اتصال مع المؤسسات الإسلامية التي تعتمد على الذبح الحلال  ، وليس لها سابق خبرة على خلاف ما يتم اعتماده من السعودية وإندونيسيا   على سبيل المثال وهو ما يعيق حركة التجارة، نفس الإجراء مع جنوب أمريكا وخاصة البرازيل.

• اعتماد ألية لإعطاء التصاريح أو إلغاءها بالتشاور مع القطاع الخاص وغرفة الصناعات الغذائية.

• إصدار الهيئة العامة للخدمات البيطرية للموافقات الاستيرادية للمنتجات ذات الأصل الحيواني قبل الاستيراد كشرط للاستيراد من المنشأ المصرح به.
• ضياع الجهد والوقت والموارد في إصدار الموافقات.
   

 دور الهيئة العامة للخدمات البيطرية طبقا لقرار إنشائها وطبقا لقانون الزراعة ينصب على الحيوانات الحية المستوردة والمصدرة للكشف عليها للتأكد من خلوها من الأمراض، يقترح ما يلي: - 

• إلغاء الموافقات الاستيرادية لأنها تقتصر فقط على تحديد الموقف الوبائي للمناطق المختلفة طبقا لإخطارات منظمة الصحة الحيوانية العالمية OIE ويكتفى بإعلان وزارة الزراعة للدول والمناطق الممنوع الاستيراد منها.
• تعديل قرار وزير الزراعة 47/1967 ليقتصر تطبيق الموافقات البيطرية على الحيوانات والدواجن الحية، ولا يطبق على اللحوم والدواجن والأسماك المصنعة والمجمدة والمبردة ومنتجاتهم، والألبان، ومنتجاتها، والبيض، ومنتجاته. 
   

• ضعف حلقات الصناعة الأساسية المتمثلة في الغزل والنسيج والصباغة والطباعة والتجهيز والصناعات المغذية.

• جذب المستثمرين الأجانب والمحليين للاستثمار في هذه القطاعات سواء بمشروعات منفردة أو مدن نسجية متكاملة.
• تشجيع سياسة انشاء المدن النسجية المتكاملة على ان يتم التركيز في اقامتها على محافظات الدلتا والصعيد لزيادة معدلات التنمية بها.

• السياسة الزراعية للقطن

• التوسع في زراعة الأقطان القصيرة والمتوسطة بدلاً من استيرادها. 
• الاستمرار في زراعة الاقطان طويلة التيلة طبقاً للكميات التي نستطيع تصديرها للخارج واحتياج الصناعة المحلية. 
• تشجيع مستثمرين للاستثمار في مجال انتاج الملابس من الأقطان طويلة التيلة.
• السماح باستيراد الأقطان من جميع دول العالم وإلغاء قرار الاستيراد من دول محددة.