• ارتباط إنشاء المصانع الطبية وتسجيل المنتجات الطبية بنظام التسجيل بالاتحاد الأوربي.

• تبني النظام الأوروبي الحالي مع اعتماد طرف ثالث لتنفيذه من خلال هيئة الدواء. 

• عدم وجود رؤية مستقبلية أو خطة طويلة أو قصيرة المدى لقطاع الأدوية في مصر مما أدى لتعقيدات إدارية وتضارب بين الجهات المختلفة.  

• وضع إعلان ورؤية للإستراتيجية في أسرع وقت لتكون بوصلة التحرك نحو المستقبل والإصلاحات ويشارك فيها كل الجهات والأطراف ذات الصلة.

• غياب التعريفات واستمرار تعمد عدم الفصل بين الصناعات الدوائية (الصيدلية) والصناعات غير الدوائية (الأجهزة الطبية والكواشف المعملية) وما يعقبه من سلبيات مهددة لهذه الصناعة.

• الفصل بين الصناعات الدوائية وغير الدوائية. 

• استحداث مصطلح المستحضر الطبي لطمس هوية المستحضر الصيدلي.

• عدم دمج المستحضر الصيدلي بالمستحضر الطبي.

• الإعفاءات الواردة بالباب الرابع لقانون الجمارك الجديد والتي تشمل الواردات من الأجهزة الطبية باسم المستشفيات الحكومية والجامعية يفقد الصناعة المصرية أساس المنافسة لعدم خضوع مدخلات الإنتاج لذات الميزة التي تتراوح جماركها 5-30 % مما يفقد المستثمر المحلي والأجنبي الرغبة في الاستثمار.

• إلغاء أي ميزة للمنتجات المستوردة أو منح المنتج المحلي نفس الميزات ووضع خطة استثمارية تشجيعية للمنتجات المطلوبة والتي يتم استيرادها حالياً متضمنة فوائد بنكية مخفضة طويلة ومتوسطة الأجل.
• تفعيل قوانين أفضلية المنتج المحلي المصرح له بالتداول مع الجهات المختصة.

• عدم ثبات استراتيجية دعم الصادرات.

• دعم بنكي مخفض للتعاقدات التصديرية.

• عدم فاعلية الرقابة على الأسواق الشرعية وغير الشرعية والذي يتمثل في عدم تطبيق قواعد التتبع على الشركات التجارية.  

• تجريم بيع وشراء أجهزة طبية غير مسجلة وسرعة إنفاذ القانون في هذا الشأن.

• تتوجه الدولة حالياً توجهاً إيجابياً نحو تحويل الصناعة المحلية للمحاقن الطبية ذات الاستخدام الواحد من الطراز التقليدي إلى طراز الأمان الكامل ولكن التحويل المطلوب في انتاج طرازات الأمان الكامل يتطلب مدة لا تقل عن 18 شهر لتصنيع الماكينات والمعدات بالإضافة إلى تسجيل المنتجات محلياً.

• مساندة المصانع المصنعة للمحاقن الطبية وعددها 16 مصنع ويعمل بها حوالي 4800 عامل بإعطاءها فترة انتقالية ثلاثة سنوات للتحويل من الطراز العادي للمحاقن إلى طراز الأمان.

• مصر تمنع استيراد المعدات الطبية المستعملة ولا تفرق بين الأجهزة الإلكترونية والمعدات الطبية. في حين أن هذه الأجهزة لا تمثل أي ضرر صحي. وكثير منها هبات تقدم من مؤسسات علمية، وذلك فضلاً عن كثرة الإجراءات المستندية المعتمدة لاستيراد أي سلعة طبية.

• إعادة النظر في القواعد المطبقة في استيراد المعدات الطبية وعدم قصر الاستيراد على الوكيل فقط، ويتم وضع مواصفات قياسية للأجهزة الطبية. 

مشاكل متعلقة باللائحة التنفيذية رقم 777 لقانون 151 لسنة 2019 ومنها ما يلي:

• رقابة هيئة الدواء على عملية تصنيع الأجهزة الطبية برغم كونها صناعة هندسية ولا تمتلك الهيئة الكوادر الفنية والهندسية لتنفيذ هذا التكليف مما يؤثر على الصناعات الهندسية في مصر  .
• التضارب في مسألة تراخيص المصانع التي تنتج أدوات ومعدات طبية بين هيئة الدواء وهيئة التنمية الصناعية. 
• تم نقل اعتماد المصانع والمنتجات الطبية من المجلس الوطني للاعتماد إلى هيئة الدواء. 
• وضع ضوابط لتسعير المنتجات الطبية علماً بأنها سلعة رأسمالية   تتأثر بمعطيات وتغيرات السوق مما يعني استحالة تثبيت الأسعار وهو ما يخالف بأية حال ما نص عليه قانون الاستثمار المصري. 
• لم تضع الهيئة إرشادات ومواصفات تسجيل المنتجات الطبية برغم عدم إجازة تداول أي منتج دون تسجيل الهيئة له.

• سرعة التدخل لإيقاف العمل باللائحة التنفيذية مع إحالة القانون للمناقشة مع الأطراف المعنية من بالأجهزة الطبية   بالإضافة إلى الجهات الفنية الأخرى والرقابية بهدف دعم الصناعة الطبية في مصر.