النقل البحري:

• انخفاض أداء رافعات الموانئ؛ حيث يبلغ عدد النقلات التي تقوم بها الرافعات في ميناء الإسكندرية ما بين 10-12 نقلة/ساعة، مقارنة بمتوسط عالمي يصل إلى 20-25 نقلة/ساعة.
• تواضع كثير من الخدمات مثل نقل البضائع غير المعبأة أو خدمات السفن الناقلة للمركبات، وعدم كفاية خطوط الشحن والذي يمثل عقبة أمام الكثير من الصناعات.
• تحصيل رسوم أرضيات في أوقات انتظار القوافل في بعض الموانئ على الرغم من عدم وجود مستودعات بالميناء.
• فرض رسوم شحن وتفريغ من قبل هيئة الموانئ البرية برغم تولى متعهدي النقل تحمل أعباء الشحن والتفريغ. 
• ارتفاع نولون الشحن كنتيجة لعدة عوامل منها ارتفاع أسعار النقل والوقود البحري.
• زيادة اسعار تكلفة الخطوط الملاحية والسداد الزامي بالدولار مع أن الخدمة المقدمة على أراضي مصرية (ليست منطقة حرة) وبالتالي لابد من السداد بالجنيه المصري.

• إصدار تعريفة شاملة وموحدة لرسوم الخدمات التي تقدم بالموانئ المصرية للسفن بهدف تنمية أنشطة وخدمات النقل البحري وتحديثها مع منع تقاضي أي رسوم إضافية أو مقابل خدمات تحت أي مسمى فيما عدا الضرائب والرسوم المقررة بناء على قانون أو قرارات وزارية. 
• إعطاء الأولوية في القيام بأنشطة وخدمات النقل البحري للشركات التي تمتلك سفناً ترفع العلم المصري لزيادة حجم التبادل التجاري وتنشيط حركة الصادرات. 
• اتخاذ الإجراءات لسحب المهمل خارج الموانئ وتجهيز مخازن ومساحات خارج الميناء لاستقباله.
• تطوير ميناء الإسكندرية بهدف القضاء على العشوائيات داخلها وتحديث البنية الأساسية من شبكة الطرق والصرف الصحي والمياه والكهرباء بالإضافة إلى إزالة المباني المتهالكة والمخلفات - إنشاء محطة ركاب جديدة. 
• ضمان منح الأولوية لسفن الأسطول التجاري الوطني لنقل البضائع المصرية، وليس هذا بالأمر الذي يتعارض مع قواعد اتفاقية الجات بالنسبة لقطاع النقل البحري أو مع آليات السوق. 
• تطوير أداء شركات الشحن والتفريغ في الموانئ وتقرير التيسيرات المناسبة لشركات القطاع الخاص التي يرخص لها القيام بهذه الخدمة بحيث يتوافر لها الكفاءة الفنية والمعدات الحديثة بما يسمح بأداء خدمة متميزة وسريعة للسفن مع الحفاظ على مستوى وسمعة الموانئ المصرية في هذا المجال. 
• تطوير الترسانات البحرية وشركات إصلاح السفن المصرية سواء المملوك منها للقطاع الخاص أو قطاع الأعمال العام وذلك لجذب أصحاب السفن المترددة والعابرة لإجراء العمرات والإصلاحات بالموانئ المصرية بما يؤدي إلى زيادة الدخل مع ضرورة وضع سياسة للاستفادة من طاقة الترسانة المصرية في أعمال البناء والإصلاح لتطوير الأسطول البحري المصري. 
• دراسة أسباب انخفاض أسعار تموينات السفن بالموانئ المجاورة مقارنة بأسعاره في مصر وهو ما يؤدي إلى لجوء السفن إلى التزود في الموانئ الأخرى مما يترتب عليه إهدار موارد يمكن أن يتم تحصيلها من خلال عمليات التزود.

وافق مجلس الوزراء، في يوليو 2019، على مقترح وزارة النقل بتعديل بعض أحكام قراري وزير النقل:

• الأول رقم 488 لسنة 2015، بشأن لائحة مقابل الخدمات التي تؤدى للسفن في الموانئ البحرية المصرية، ومقابل الانتفاع بالمهمات والمنشآت الثابتة والعائمة التابعة لهيئات الموانئ البحرية والهيئة المصرية لسلامة الملاحة البحرية، ومقابل الخدمات الإلكترونية المقدمة من هيئات الموانئ البحرية للمتعاملين معها.
• والثاني رقم 800 لسنة 2016 بشأن إصدار لائحة تنظيم مزاولة الأنشطة والأعمال المرتبطة بالنقل البحري ومقابل الانتفاع بها.
• كما تضمن المقترح إلغاء قرار وزير النقل رقم 468 لسنة 2018.

ومن ضمن الحوافز المقدمة في إطار القرار الوزاري الجديد 416 لسنة 2019:

• تخفيض رسوم التأمين من 10 آلاف إلى 5 آلاف جنيه، ورسوم إصدار التراخيص من 3 آلاف إلى ألف جنيه فقط، بالإضافة إلى تخفيض رسوم خدمات تموين السفن بنسبة 50%.
• وتشمل تخفيض رسم المنائر بنسبة 10% في حال دخول السفينة العابرة قناة السويس ميناءً واحداً من الموانئ المصرية، وبنسبة 20% في حال دخولها ميناءين أو أكثر،
• وزيادة مدة الترخيص لنشاط الشحن والتفريغ إلى ما بين 10 و15 عاماً، بدلاً من 5 أعوام في السابق، مع إمكانية التجديد لمدد أخرى مماثلة، ورفع مدة الترخيص لنشاط التخزين والمستودعات إلى 10 أعوام، قابلة للتجديد لمدد أخرى مماثلة، بالمقارنة مع 5 أعوام فقط سابقاً، وتخفيض التأمين الذي يلتزم المرخص له بتقديمه لـ 5 آلاف جنيه (تسدد نقداً أو بموجب خطاب ضمان بنكي)، مقابل 10 آلاف جنيه في السابق، وتخفيض رسوم الترخيص للقيام بنشاطي الأشغال البحرية / التوريدات البحرية إلى 1000 جنيه لكل نشاط على حدة، بدلاً من 3 آلاف جنيه.
• كما تشمل تخفيض رسوم الحصول على خدمات تموين السفن للنصف، وتقليص المقابل الذي تدفعه الشركات العاملة في نشاط شراء مخلفات السفن إلى ألف جنيه فقط سنوياً، من 10 آلاف جنيه، وإلغاء الشرط الخاص بألا تقل حصة الشريك المصري في رأسمال شركات التوكيلات الملاحية ذات رأس المال المشترك عن 51%.