التأخير في التخليص الجمركي يؤدي إلى:

• تعطل خطوط الإنتاج وعدم القدرة على الالتزام بمواعيد التوريدات وانخفاض كفاءة رأس المال العامل مما يعرض الشركات لخسائر فادحة من غرامات التأخير.
• زيادة أعباء مصاريف الأرضيات والتخزين مما يحمل الشركات تكلفة باهظة بسبب انتظار السيارات ومبيتها في الميناء.

التأخير في التخليص الجمركي ناتج عن الاسباب التالية:

• طول إجراءات لجان الكشف والتثمين والمراجعات والعرض.
• فتح حاويات التصدير في الجمرك وعمل فحص كامل للحاوية وعدم تفعيل فكرة القائمة البيضاء للعملاء ذوي السمعة الطيبة.
• طول مدة التخليص في الميناء الجوي بعد تطبيق منظومه الشباك الواحد، قد تصل الى 3 أشهر علما بأنه يتم سداد رسوم لخدمة الشباك الواحد قد تصل الى 1300 جم للرسالة. 
• مصاريف المعامل لتحليل شحنات الاستيراد غير ثابتة ومتفاوتة برغم ثبات كمية العينة. 
• يتم أحياناً وقف التعامل مع شركات الفحص دون إخطار الشركات المستوردة.
• وجود كثير من جهات العرض خارج مكان الدائرة الجمركية مما يزيد من فترة فحص العينات.
• النقص الشديد في أجهزة الكشف بالموجات والاعتماد الدائم على فتح الحاويات للكشف والفحص اليدوي.
• عدم كفاية المعامل الموجودة بالمنافذ لإجراء جميع أنواع التحاليل والفحص.
• الاعتماد على الإجراءات الورقية التقليدية وعدم تطبيق نظام التبادل الإلكتروني للبيانات بين الجمارك والعملاء أو بين الجمارك والجهات الأخرى.
• عدم تعميم الربط الإلكتروني بين المنافذ الجمركية المختلفة خاصة المنافذ البرية النائية مما يؤدى إلى طول فترة الإفراج.
• القانون لا ينص على وجود فترة بحد أقصى لفحص العينات من قبل الصحة على الشحنات التي تحتاج الى تصريح من الصحة وأحياناً تصل الى ٢٥ يوم بسبب إضرابات موظفين المعامل المركزية التابعة لوزارة الصحة بميناء الإسكندرية. وعليه يتم ارسال العينات للمعامل المركزية بالقاهرة مما يؤدي الى تكدس العينات وتأخر الافراجات الصحية عن الرسائل.
• قرارات جزافية نتيجة عدم التنسيق في القرارات بين الجهات المختلفة بوقف تخليص الشاحنات من مأمور الجمارك مما يؤدي إلى تعطيل العمل.

أمثلة لذلك:

• تم وقف الإفراج عن شحنات مدخلات الإنتاج لمستحضرات التجميل في الدوائر الحدودية بناءً على قرار من وزارة الصحة لحين سداد ضريبة الدمغة الطبية بأثر رجعى من 2015 وهو قرار لا يخص صناعة مستحضرات التجميل ويخص الأدوية وليس له سنداً قانونياً. 
• تم وقف شحنات تصدير من الشاي الفتلة بناءً على منشور داخلي خاص بالتبغ لا علاقة له بالشاي من مسئولي الجمارك لمدة أسابيع. 
• تم وقف فحص شحنات ذرة مجمدة للاستهلاك الأدمي بناءً على كتاب من التمثيل التجاري في اسبانيا بلد المنشأ بناء ًعلى وجود إصابات حقلية في محصول الذرة وبدون أي سند علمي. 

• تطوير المنافذ الجمركية وذلك بزيادة أجهزة الكشف، والبوابات الإلكترونية وزيادة الموازين والكشافات الضوئية والإنارة والكاميرات، وكذلك زيادة الأجهزة المعملية وتطوير معامل الهيئة العامة للصادرات والواردات ومصلحة الكيمياء.
• اعتماد المعامل الدولية المستقلة في الاختبارات ومعامل الجهات العلمية. 
• الربط الإلكتروني بين جميع المنافذ الجمركية، والتغلب على مشكلة الأعطال المتكررة في نظام الجمارك والربط بين الجمارك والبنك المركزي والبنوك الأخرى.
• عمل جميع العروض داخل الدوائر الجمركية تحت إشراف الهيئة العامة للصادرات والواردات، تطبيقاً للقرار الجمهوري 106 لسنة 2000.
• توحيد الجهات التي تخاطب الجمارك في جهة واحدة سواء كانت قطاع التجارة الخارجية أو الهيئة العامة للصادرات والواردات على أن يمثل بها كافة الجهات المعنية بالاستيراد والتصدير.
• توفير العدد الكافي من الموظفين لإنهاء جميع إجراءات التخليص في مدة لا تتعدى 24 ساعة، وعودة العمل بقرار السيد رئيس مجلس الوزراء السابق بزيادة عدد الورديات الجمركية لتيسير إمكانية الإفراج عن الشحنات الواردة.
• أي قرار بوقف أي شحنة يجب أن يصدر من خلال منظومة متكاملة على رأسها قطاع التجارة الخارجية، وتكون كل الجهات ممثلة فيها وألا يكون القرار بيد مأمور الجمارك.

• صدر قرار رئيس مجلس الوزراء رقم 20 لسنة 2019 بشأن تشكيل اللجنة الوزارية المسئولة عن متابعة تنفيذ منظومة النافذة الواحدة، وتولى وزارة المالية مسئولية تنفيذ منظومة النافذة الواحدة بهدف تيسير حركة التجارة وتحسين مناخ الاستثمار. 
• صدر قرار وزير المالية رقم 74 لسنة 2019 المتضمن تولى الشركة المصرية لتكنولوجيا التجارة الإلكترونية تنفيذ وإدارة وتشغيل منظومة النافذة الواحدة القومية طبقاً للعقد المبرم مع مصلحة الجمارك. 
• صدرت وثيقة الإطار التنفيذي لمنظومة النافذة الواحدة. 
• صدرت خطة تطوير وتنفيذ التطبيقات الجمركية بمنظومة النافذة الواحدة القومية للتجارة الخارجية والبرنامج الزمنى للتنفيذ.
• وردت توصية في دراسة معدة من وزارة التخطيط والاصلاح الإداري عن سبل ترشيد الواردات وتنمية الصادرات المصرية تضمنت استكمال الجهود المبذولة لسد منافذ التهريب الجمركي وتغليظ العقوبات على كل من يثبت قيامه بعمليات تهريب كلية أو جزئية. 
• كما وردت توصية أخرى تضمنت الإسراع في تنفيذ الربط الإلكتروني بين مصلحة الجمارك، وهيئة الرقابة على الصادرات والواردات، وهيئة التنمية الصناعية، لخفض وقت وتكلفة المعاملات.