• اتفاقيات منع الازدواج الضريبي: مصلحة الضرائب لا تعتد باتفاقيات منع الازدواج الضريبي في بعض الحالات مما يؤثر سلباً على استمرار تدفق الاستثمارات الاجنبية الى مصر.

• يجب الالتزام باتفاقيات منع الازدواج الضريبي لتشجيع الشركات الاجنبية على ضخ مزيد من الاستثمارات في مصر.

• غرامات التأخير على أداء الضريبة: طبقا لقرار وزير المالية رقم 484 لسنة 2019، يتم توقيع غرامات تأخير على أداء الضريبة دون التفرقة بين التأخير الناتج عن التهرب والتأخير الناتج عن المنازعة الضريبية. 

• التفرقة عند توقيع غرامات التأخير في دفع الضرائب بين حالات التهرب الواضحة وبين حالات الخلاف والنزاع مع مصلحة الضرائب على المبالغ الضريبية المستحقة، فلا ينبغي توقيع غرامات في حالات وجود نزاع لأن التأخير هنا ناتج عن وجود نزاع وليس عن تهرب من الدفع.

الضريبة العقارية على المنشئات الصناعية والصحية

• المغالاة في تقدير سعر المتر من الأرض والمباني بالمنشآت الصناعية، وما يستتبعه من المغالاة في تقدير القيمة الإيجارية هو ما قد عانى منه كافة القطاعات الصناعية والذي أدى الي نزاع مستمر وسخط عام على الضريبة بشكلها الحالي.
• رفض بعض المأموريات تقسيط الضريبة والإصرار على التحصيل دفعة واحدة او الحجز على أموال الشركات لدى البنوك لإجبار الممولين على السداد وإرهابهم من اتباع أي وسيلة من الوسائل القانونية للتقاضي دون مراعاة الوضع الاقتصادي للمنشآت ولسمعتها التي قد تتأثر لدى البنوك بهذا الحجز الذى  أدى إلى منازعات وخلافات لا حصر لها.

• اقتراح بإصدار تشريع جديد لإلغاء الضريبة العقارية على المنشآت (مصانع ومستشفيات والمناطق الحرة). 

• تم تأجيل تحصيل الضرائب العقارية لمدة ٣ سنوات. 

• وجود أكثر من ملف ورقم لذات المنشأة في الأجهزة المتعددة.

• عمل رقم قومي للمنشأة يتم التعامل به مع مختلف أنواع الضرائب التي حددها القانون التي تخضع لها المنشأة سواء كانت ضرائب دخل أو قيمة مضافة أو جمارك أو تأمينات أو جهات حكومية أخرى.
• توحيد ضريبة القيمة المضافة مع ضريبة الدخل في ملف ضريبي واحد لتسهيل المقاصة بين الالتزامات والمستحقات لدى مصلحة الضرائب.

• تشكل الضرائب عبئاً كبيراً على المنتج الصناعي، حيث تؤدي إلى ارتفاع السعر الذي يصبح في معظم الأحيان غير تنافسي.
• غموض القانون واللائحة التنفيذية مما أدى الي الاجتهاد والاختلافات في التفسير داخل المصلحة في كل التعاملات وكانت أهم الاختلافات في المعايير والتطبيق تخص صناعات متخصصة تخص الصناعات الغذائية، صناعة المنظفات، صناعة الدواء، صناعة مستحضرات التجميل، و لب الورق (عجائن من خشب أو مواد ليفية سيلليوزية )

• أهمية وضوح القوانين واللوائح والتعليمات الضريبية وتبسيطها من أجل تخفيض السلطة التقديرية للعاملين بالإدارة الضريبية.
• تشكيل لجنة مصغرة بعضوية رئيس مصلحة الضرائب ورئيس مصلحة الجمارك ونائب عن وزير المالية، وعضوية رئيس اتحاد الصناعات أو من ينوب عنه وممثلين عن الغرف الصناعية، تكون مهمتها مناقشة العقبات الإجرائية والقانونية التي تواجه المستثمرين الصناعيين في الضرائب والجمارك والتوصل إلى حلول وقرارات عملية لها تأثير سريع على أرض الواقع.
• توقيع بروتوكول بين وزارة المالية ومنظمة التنمية والتعاون الاقتصادي لتطوير أنظمة التعامل الضريبي بما يتماشى مع المستجدات الدولية ويعزز ثقة المستثمرين في الإصلاحات الضريبية.

• التقدير الجزافي: استمرار العمل بنظام التقدير الجزافي للضرائب وعدم الاعتداد بالميزانيات والإقرارات المقدمة.
• تأخر الفحص الضريبي لعدة سنوات قد تصل الى 10 و 15 سنة مما يترتب عليه تحميل الشركات أعباء مالية إضافية تتمثل في مقابل التأخير و ضريبة إضافية تفوق الضريبة الأصلية.
• تقوم المأموريات بإصدار نماذج تقديرية لقطع التقادم دون الالتفات نهائيا الي الإقرارات المقدمة من الشركات وقد تفوق الضرائب حجم المبيعات نفسها ويلزم الأمر إجراءات معقدة لإعادة الفحص الضريبي الذي يكون مر عليه أكثر من خمس سنوات فعلاَ.
• قيام المأمور عند الفحص بإهدار الدفاتر والمستندات، وفى هذا الأمر لابد من قيام المأمور الفاحص الذي يدعى بوجود مخالفة اثبات هذه المخالفة بنفسه والتفرقة بين التهرب الضريبي و المخالفة البشرية.
• عدم الترابط بين كافة شعب المأمورية " شعبة الفحص التجاري – كسب العمل – الدمغة – خصم المنبع" مما يؤدي الي إهدار وقت الممول والمأمورية على حدٍ سواء حيث يتم تجهيز اكثر من ملف للفحص مع اكثر من مأمور بنفس المستندات تقريباً واحياناً في وقت واحد، المطلوب توحيد الفحص لعدم إهدار وقت المأمورية والممول.
• تعنت المأمورية في الفحص الضريبي للملفات التي لا ينتج عنها حصيلة للمأمورية دون النظر الي التزام الممول بتقديم كافة المستندات الضريبة المؤيدة لإقراره وتعنت المأمورية تأخير الملف لعدم جدواه من وجهة نظرها.
• الحجز الإداري على كافة اموال الشركة بدلاً من ان يتم الحجز على ما يساوى قيمة الضريبة فقط مما يؤثر على التعاملات اليومية للمصانع والشركات لحين رفع الحجز دون استنفاذ الطرق الودية.

• إلغاء ما يسمى بالتقدير الضريبي (الجزافي)، فيجب تطبيق القانون فيما يخص الاعتداد بالإقرار الضريبي ويتم عمل فحص عشوائي للمستندات المقدمة وإذا ثبت خلاف ما هو في الإقرار يتم إعادة التقييم.  
• التزام سلطات الضرائب باعتماد الميزانيات المقدمة المعتمدة والتي مر عليها خمس سنوات اعتماداً نهائياً لحل المنازعات الضريبية وتحصيل الضريبة بشكل أسرع.

• ضريبة القيمة المضافة: فرض ضريبة قيمة مضافة على السلع الرأسمالية يؤدي إلى ارتفاع تكلفة الإنتاج بصورة تضعف من القدرة على المنافسة الخارجية.

• إلغاء ضريبة القيمة المضافة على السلع الرأسمالية التي تدخل في العملية الإنتاجية.
• تقديم الاقرارات الكترونياً لمصلحة الضرائب في الشهر التالي لانتهاء الفترة الضريبية. 
• إضافة الخدمات في الاعفاءات الواردة في المادة رقم 27 من قانون ضريبة القيمة المضافة. 
• إضافة الهيئات العامة في الجهات المدرجة في المادة رقم 27 من قانون ضريبة القيمة المضافة التي ترد لها هبات وتبرعات وهدايا ويمكن لوزير المالية بالاتفاق مع الوزير المختص الإعفاء من ضريبة القيمة المضافة المستحقة عليها. 
• يحق للمغادرين البلاد من الزائرين الأجانب لمصر لمدة لا تزيد على ثلاثة أشهر استرداد الضريبة السابق سدادها للبائع المسجل عن مشترياته لسلع خاضعة للضريبة بشرط أن لا تقل قيمة مشترياته بالفاتورة الواحدة عن 1500 جنيه، وعلى أن يتم خروج مشترياته من البلاد بصحبته أو بأي وسيلة أخرى. 
• يجوز لرئيس المصلحة أو من يفوضه الافراج المؤقت لمدة ثلاثة أشهر وذلك على الرسائل الواردة للعملية الانتاجية أو ممارسة النشاط وذلك وفقا للضمانات التي تراها مصلحة الجمارك مناسبة لحين موافاة صاحب الشأن المصلحة بالمستندات اللازمة لبحث الاعفاء خلال المدة المذكورة أو سداد الضريبة المستحقة وكذا الضريبة الاضافية.  

• حد التسجيل للشركات: رفع حد التسجيل للشركات إلى 500,000 جنيه مصري في ضوء قانون ضريبة القيمة المضافة سيؤدى إلى خروج العديد من المنتجين من دائرة الإنتاج الرسمي ومن ثم تضيع على الدولة فرص تحصيل موارد مالية.

• تطبيق نظام الضريبة القطعية بحيث يتم ربط قيمة ثابتة على أي منشأة صغيرة ولا يتم رفع تلك القيمة إلا في ضوء فحص الفواتير والمستندات وإثبات أن المستحق على المنشأة يزيد عن تلك القيمة.
• ضرورة النظر في تطبيق المقترحات المقدمة من وزارة التجارة والصناعة في مشروع قانون الصناعات الصغيرة والمتوسطة ومتناهية الصغر فيما يخص التسهيلات الضريبية والإجرائية لتلك المنشآت. 
• وضع نظام ضريبي مبسط خاص للمشروعات أو المنشآت الصغيرة والمتوسطة بنظام الضريبة الموحدة بهدف تخفيض تكلفة الالتزام الضريبي على تلك المشروعات مع ضرورة تحديد ضريبة قطعية للمشروعات متناهية الصغر.    
   

• صدور قانون تنمية المشروعات المتوسطة والصغيرة ومتناهية الصغر والذي تضمن في مواده تيسير لإجراءات التمويل وبدأ العمل بالإضافة إلى الحوافز المختلفة لأنشطة المشروعات الصغيرة والمتوسطة ومتناهية الصغر وطرح أسس مبسطة للتعامل الضريبي الدائم.

• استرداد ضريبة القيمة المضافة: عدم تمكن الشركات المصدرة من استرداد ضريبة القيمة المضافة على مدخلات الإنتاج من خامات ومستلزمات استخدمت في منتجات تم تصديرها لمدة طويلة قد تستغرق سنوات، ويسقط استردادها بعد عامين.

• تيسير إجراءات استرداد ضريبة القيمة المضافة للشركات المصدرة وسرعة سداد المبالغ المستحقة للشركات قبل مرور فترة العامين لكي لا تضيع على الشركات أموال تحتاجها في عمليات الإنتاج والتصدير.