مشاكل أخرى متنوعة خاصة بنظام MTS علي منظومة نافذة:
- مشاكل الربط مع الجهات الرقابية حيث ينتج عن ذلك المشاكل التالية:
- عدم تطبيق قرار رئيس الوزراء 3053 في شأن اللجان المشتركة.
- تأخير العرض على تلك الجهات وقد تصل إلى 4 أيام أو أكثر.
- المستندات المطلوبة لكل جهة على حدا وعدم الاكتفاء بما تم رفعه من مستندات بمعرفة الموردين.
- تأخير إصدار المطابقات الخاصة بالرسائل.
- إلغاء لجان التظلمات السابق العمل بها في ظل القرار الجمهوري 106.