مشاكل أخرى متنوعة خاصة بنظام MTS علي منظومة نافذة: 

• كثرة الوقت والجهد المبذول في إنشاء الفواتير الهيكلية التي يلزم بها الموردين وكثير من الموردين قد رفضت بالفعل رفع تلك الفواتير وخاصة في وجود بعض الاختصارات والأكواد غير المعروفة لديهم.

• تأجيل العمل بتلك الفواتير أو الغائها واستبدالها ببعض البيانات الأساسية مثل الصنف والعدد والوزن والقيمة وذلك لتعديل مدخلات الرسالة اتوماتيكيا على السيستم كبديل لتلك الفواتير الهيكلية ووضع استثناءات لما تم تقديمه من قبل ذلك، وإتاحة السير في الاجراءات للإفراج عن البضائع بالموانئ بشرط الحصول على رقم ACID. مع مراعاة أن التأخير الناتج عن عدم تقديم تلك الفواتير لن تظهر في زمن الإفراج حيث إن ذلك التأخير ينتج قبل القيد بالجمارك في دفتر 46 وبالتالي فإن التأخير قبل احتساب زمن الإفراج لا يظهر فيجب أن يتم حصر تلك الشحنات الموجودة بالموانئ قبل القيد في دفتر 46 لتظهر تلك الإحصائية مدى التأخير.