مشكلات النقل النهري:

• انخفاض منسوب المياه في المجرى الملاحي عن 150 سم ولفترات زمنية طويلة مما يسبب في صعوبة سير الوحدات النهرية ويترتب أيضاً على ذلك تحديد حجم وحمولة ونوعية الوحدات الملاحية مما يؤثر بالسلب على اقتصاديات النقل النهري، هذا بالإضافة إلى تعرض الوحدات النهرية لحدوث حوادث نتيجة انخفاض المنسوب. 
• وجود الأهوسة والكباري التي تسبب في زيادة أزمنة الرحلات النهرية نظراً لانخفاض السرعات عند هذه النقاط هذا بالإضافة إلى ازدياد فترات الانتظار وخاصة عند الأهوسة والتي تعتبر بمثابة نقاط اختناق تؤثر على انسيابية المرور في المجرى الملاحي. 

• ربط الموانئ البحرية (دمياط - الدخيلة- بورسعيد - السويس) بشبكة النقل النهري. 
• تجهيز موانئ نهرية على طول مجرى النهر. 
• مراعاة الحمولات عند تصميم الكباري بما لا يمثل عائقاً أمام مرور السفن. 
• تحديث المجرى الملاحي وكذلك الأسطول النهري بشبكة من أجهزة الاتصال اللاسلكية المرتبطة بمحطات موزعة على طول المجرى الملاحي. 
• تطبيق النقل متعدد الوسائط في قطاع النقل النهري ويتطلب ذلك التوافق مع الوسائل الأخرى كالسكك الحديدية والنقل على الطرق مع توفير المعدات والوحدات اللازمة. 
• تجهيز الموانئ بأحدث أساليب تداول البضائع سواء أوناش عائمة ذات قدرة عالية أو سيور متحركة في حالة البضائع الصلبة أو خطوط أنابيب في حالة البضائع السائلة مع إمكانية ربط هذه الموانئ بوسائل المواصلات الأخرى. 
• تزويد الممر الملاحي بالمساعدات الملاحية المختلفة والمتطورة على طول المجرى الملاحي.