عدم توفر الموارد البشرية المؤهلة القادرة على أداء المهام المسندة إليها والعمل بآليات جديدة تتواكب مع التطور العالمي في مجالات الرقابة المختلفة على الغذاء، حيث ترفض الجهات المسئولة، بحجة تكدس الموظفين في المؤسسات الحكومية، قيام الهيئة بالتعاقد أو التعيين من الكوادر اللازمة بغض النظر عن الاحتياج الحقيقي والفعلي لهيئة منشأة حديثاً مثل الهيئة القومية لسلامة الغذاء إلى توفير خبرات متنوعة في مجالات متنوعة لتكتمل المنظومة. كما تطلب هذه الجهات من الهيئة تقليص هيكلها التنظيمي الذي سبق الموافقة عليه لعدم إدراك أهمية الأنشطة المختلفة التي تأمل الهيئة في تنفيذها وتكاملها بعضها البعض بما يحقق الهدف الأسمى للهيئة، ومضت الشهور ولا تزال بطاقات الوصف الوظيفي وجدول وظائف الهيئة تحت الدراسة والاعتماد في الجهاز المركزي للتنظيم والإدارة بما يعوق الهيئة عن ممارسة كافة اختصاصاتها، في ذات الوقت التي تمنع فيه الجهات الرقابية السابقة العاملين بها من الالتحاق أو الانتداب بالهيئة رغبة في إفشالها.
يتم تجاهل الامتيازات التي منحها المشرّع للهيئة في قانون إنشائها ويتم التعامل معها كغيرها من الهيئات العامة الأخرى في تطبيق قواعد ترشيد الإنفاق الحكومي. وأدى ذلك إلى عدم توفير سيارات يمكن استخدامها في انتقالات العاملين في الرقابة على إلغاء وزيارة منشآت الأغذية، أو موازنة تتناسب مع الهيئة وحجم المسئولية الملقاة عليها حيث تؤمن الهيئة غذاء مائة مليون مصري منهم فئات عالية الحساسية مثل الأطفال وكبار السن والمرضى وغيرهم وكذلك الاستثمارات في قطاع الصناعات الغذائية أحد أهم مصادر الدخل القومي من التصدير وتأمين غذاء السائحين الأجانب بما تمثله السياحة من أهمية في بلد يملك كافة المقومات السياحية.
يجب اعتماد مخصصات مالية كافية للهيئة لتعيين وتدريب كوادر مؤهلة لأداء دورها في رقابة سلامة الغذاء في مصر.
دعم الهيئة بموازنة واقعية تتناسب مع أداء دورها في حماية الغذاء في مصر بحيث تستطيع توفير أدوات الرقابة والمتابعة على الأسواق بشكل فعال مثل توفر سيارات لنقل الموظفين المكلفين بالتفتيش والمراقبة على المنشآت العاملة في إنتاج الغذاء بكافة أنحاء الجمهورية.