معوقات العمل بنظام MTS على منظومة نافذة بمختلف الموانئ التي تؤدي إلى فجوة في التطبيق وتعقيد نظام الإفراج الجمركي وتتلخص فيما يلي: 

• عدم تواجد خاصية إضافة أو نسخ أو دمج أسطر على النظام.
• عدم إتاحة إمكانية حذف أمر توريد وحذف فاتورة في حال أنها رفعت على النظام عن طريق الخطأ.
• عدم إتاحة عدة تقارير ومنها (تقرير الرسائل المرفوضة معملياً – تقرير الرسائل المنتهية، ولكن لم يتم الدفع بعد) 
• التأخر في تحديث رسوم الهيئة على منظومة النافذة، مما يضطر إلى حساب الرسوم يدوياً من المراجع المالي. 
• في حالة وجود شهادة منتهية بالنسبة للجمارك لا يوجد إمكانية العمل على طلب سلامة الغذاء، بالنسبة للدعم الفني، والعكس في حالة وجود الطلب منتهي الإجراءات لسلامة الغذاء ويوجد خطأ في تبنيد الجمارك، يتم فك الطلب من البداية.
•  مستند محضر الإعدام وإعادة التصدير الجزئي يصدر بكامل العدد والوزن بالخطأ. 
•  تأخر إرسال مطابقة في بعض الأحيان للرسالة المقبولة ظاهريا ومقبولة معمليا، مما يؤدى إلى تأخير صاحب الشأن 
•  في حالة الرفض المعملي وورود رد التظلمات بالاكتفاء، لا يتم إصدار مطابقة مما يؤدي إلى تأخير صاحب الشأن. 
•  عدم وجود إنذار أو إشعار على النافذة في حالة إعادة محضر الفحص إلى قسم المراجعة. 
•  عدم التوجيه من مسؤولي MTS لإمكانية التعرف على شهادات الفحص المسبق (الايلاك) على النافذة.
•  تم اختفاء وغلق بعض التقارير التي كانت متاحة على النظام بالمطابقات التي صدرت، فعلى سبيل المثال لا الحصر:
  •  العينات التي لم ترد لها نتائج لأكثر من 3 أيام (غير متاح)
  •  طلبات فحص غذائي لمحضر فحص ظاهري معتمد ولم يصدر لها نتائج رقابية معتمدة (غير فعال)
  • طلبات الفحص المطلوب استلامها (غير فعال)
  •  متابعة أصناف الواردات الغذائية (غير دقيق)
  •  متابعة الفواتير المحصلة (غير فعال)
•  عند استعراض بعض التقارير تظهر عبارة "لا يمكن عرض المستندات المطلوبة"
• هناك بعض التقارير المطلوب إضافتها من الأساس وهي:
  •  بيان بالرسائل الصادر لها مطابقة 
  • إجمالي عدد شهادات المطابقة 
  • متابعة طلبات فحص واردات غذائية 
  •  بيان بالرسائل الصار لها إخطار رفض 
  • طلب إجراء تظلم 
  • بيان بالرسائل التي صدر لها قرار "تحت التحفظ" 
• توقف نظام المخاطر على السيستم للشهادات منذ فترة طويلة حيث إن نظام المخاطر يقوم بتحديد درجة الخطورة للأصناف ويحدد نسب السحب.
• عدم إمكانية تعديل البنود الخاصة بالرسائل إلا بعد كشف الجمرك.
• عدم إدراج رسوم الأوعية الملامسة للغذاء بطريقة آلية على السيستم.
• في بعض الرسائل الغذائية يختلف إدراج الرسوم في كل مرة بحيث تكون مدرجة مرة على أساس اللائحة الجديدة ومرة على أساس اللائحة القديمة ومرة غير مدرجة نهائياً مما يضطر إلى تعديل الرسوم وإدراجها بطريقة يدوية.
• عند إرسال بعض الرسائل إلى الفحص الظاهري يتضح أنه تم إلغاء العرض من قبل الجمارك مما يضطر إلى الرجوع إلى الجمرك وMTS لإعادة العرض.
•  يتم عرض بعض الرسائل التي لا تخص الهيئة القومية لسلامة الغذاء ولا يتم إلغاء عرضها إلا بعد إرسالها للفحص الظاهري حتى يتمكن الجمرك وMTS من إلغاء العرض 
• عند ورود نتيجة تظلم الرفض المعملي لا يوجد خيار في خانة نتيجة التظلم بالاكتفاء بنتائج المعمل طبقاً لقرار لجنة التظلمات مما يضطر إلى اختيار الاكتفاء بما هو مدون (وهو الرد الخاص بالرفض الظاهري وليس المعملي) كما أنه عند مطابقة النتيجة من قبل لجنة التظلمات لا يتم إدراج المطابقة بشكل آلي مما يضطر إلى تحرير النتائج وإعادة تسجيلها مطابق.
•  وجود مشكلة في عرض الملفات المدرجة على النافذة من الخارج مما يتسبب في ضياع كبير في الوقت أثناء المراجعة (بطء تحميل الملفات)

• ضرورة العمل على معالجة المشاكل الخاصة بنظام MTS على منظومة نافذة.