قامت مصلحة الجمارك المصرية بمطالبة عدد من الشركات الصناعية والتجارية المتعددة الجنسيات العاملة والمستثمرة في مصر بسداد فروق عن الجمارك والرسوم الأخرى المسددة على المواد الخام ومدخلات الإنتاج المستوردة لتصنيع منتجاتها في مصر والمنتجات النهائية المستوردة بغرض البيع في السوق المحلي على أساس أن تلك الإتاوات والعوائد المدفوعة تدخل ضمن وعاء القيمة للأغراض الجمركية وبالتالي يستحق عليها سداد الجمارك والرسوم الأخرى، رغم من أن السواد الأعظم من العقود المبرمة في هذا الخصوص مع الشركات الأم والتي تنص صراحة على أن الإتاوات والعوائد التي تسدد لها هى مدفوعات عن حق انتاج السلع أو استغلال العلامات التجارية عن الوحدات المباعة في مصر وليس لها علاقة بأي مواد خام أو مستلزمات إنتاج مستوردة من الخارج بمعرفة الشركات الأجنبية العاملة في مصر والتي لا يسدد عنها أية اتاوات للشركة الأم وبالتالي لا تدخل تلك المدفوعات ضمن وعاء القيمة للأغراض الجمركية.
تضمن وعاء القيمة للأغراض الجمركية بالنسبة للشركات التجارية الإتاوات الخاصة بمنتجات نهائية الصنع مستوردة من دول الاتفاقيات التجارية والمعفاة من الجمارك وتضمنت المطالبات مبالغ عن منتجات تم تصنيعها بمصانع الشركات في مصر (ليست قائمة بالمناطق الحرة).
على افتراض قبول الشركات التطبيق على المواد الخام، أُسس التطبيق المتبعة من مصلحة الجمارك المصرية جاءت معيبة حيث تضمنت عناصر التكلفة المحلية (مثل: أجور العاملين، المواد الخام المحلية).
تصدُر تلك المطالبات للشركات بأثر رجعي لمدة خمس سنوات بعد قيام الشركات بإعلان نتائج أعمالها وتوزيع أرباح ودفع الضرائب المستحقة عن تلك الأعوام مما يتسبب في تحميل الشركات أعباء إضافية لم يتم أخذها في الاعتبار مسبقا، وكل ذلك يؤدي إلى زيادة تكلفة الإنتاج في مصر مقارنة بالدول الأخرى مما يؤثر على القدرة التنافسية للمنتج المصري أخذا في الاعتبار سهولة مناخ الأعمال في تلك الدول، كما تعرضت في ذلك السياق عدد من الشركات الأجنبية العاملة في جمهورية مصر العربية للحجز الإداري وتجميد أرصدتها بالبنوك مما أدى إلى قيام تلك الشركات باللجوء إلى القضاء لرفع الحجز مما أدى إلى تصدير صورة غير جيدة للخارج عن مناخ الأعمال في مصر.
عدم إضافة تلك المبالغ المدفوعة من إتاوات وتراخيص استخدام الحق التكنولوجي ضمن عناصر التكلفة التي يحتسب عليها القيمة الجمركية للمواد الخام ومدخلات الإنتاج المستوردة، وذلك وفقا لقانون الجمارك المصري ولائحته التنفيذية وكذا الاتفاقية الدولية للقيمة للأغراض الجمركية.